Επειδή υπάρχει σημαντική ομοιότητα των κλινικών εκδηλώσεων του έρπητα των γεννητικών οργάνων με αυτές των άλλων Σεξουαλικώς Μεταδιδομένων Νοσημάτων (Σ.Μ.Ν.) που προκαλούν ελκώσεις, το παρακάτω σχεδιάγραμμα μπορεί να βοηθήσει τον κλινικό ιατρό στη διαφορική διάγνωση.